Japonya'da Rockman Zero 3 (ロックマンゼロ3, Rokkuman Zero Surī) olarak bilinen Mega Man Zero 3, Inti Creates tarafından geliştirilen ve Game Boy Advance (GBA) el oyun konsolu için Capcom tarafından yayınlanan bir video oyunudur. Mega Man video oyunları Mega Man Zero serisindeki üçüncü video oyunudur.
Bu oyun, selefi Mega Man Zero 2 ile hemen hemen aynı kuralları takip ediyor. Zero'nun bir kez daha Z-Saber, Buster ve Shield Boomerang'ı var. Bununla birlikte, Zero'nun çubuk silahı (başlangıçta Mega Man Zero'daki Üçlü Çubuk ve Mega Man Zero 2'deki Zincir Çubuk), her yöne nişan alınabilen bir çift tonfa benzeri silah olan Geri Tepme Çubuğu ile değiştirildi. Yüklendiğinde, güçlü bir bıçaklama saldırısı gerçekleştirilir; bu saldırı, düşmanları geri savurabilir veya yere doğru hedef alındığında Zero'yu geçici bir zıplama çubuğu gibi havaya fırlatabilir.
Cyber Elf sistemi, Satellite Cyber Elflerin tanıtılmasıyla elden geçirildi. Bunlar, "Füzyon Elfleri" olarak yeniden adlandırılan standart Siber Elflerden, sürekli bir fayda sağlayacak şekilde donatılmaları ve bunların kullanımının görev sıralama puanını etkilememesi bakımından farklıdır. Ancak aynı anda yalnızca iki Uydu Elfi donatılabilir.
Siber uzay oyuna yeni bir ektir. Bir Direniş Üyesi (Hirondelle), Omega'nın gelişi nedeniyle Siberuzay portalının açıldığını söyledi. Siberuzay'a giden kapıdan geçmek, oyuncuyu tam olarak ayrıldıkları alana benzeyen ancak yeşil renkte bir alana yönlendirir. Düşmanların ortaya çıkışı daha az sıklıkta olur ve Mega Man Battle Network 4/Mega Man Zero 3 bağlantısından bilgi aktarımı gerçekleştirilmişse Battle Network Serisinden belirli virüs düşmanları ortaya çıkacaktır. Tüm düşmanlar Siber Uzayda sağlık öğelerini (Gizli Diskler gibi diğer öğeler yerine) düşürür. Siber uzaya girmek, belirli Siber Elflerin (hem Füzyon hem de Uydu, sol altta A işaretli olanlar) normal şekilde kullanılacak kadar büyümemiş olsalar bile ölmeden otomatik olarak etkinleşmesine neden olur ve bu Elfler puanı etkilemez. Ancak Siberuzay'a girmek, görev sıralama puanını düşürerek, aşama sonu patronlarının EX Becerilerini kazanmak için gerekli olan S veya A Sıralamasını elde etmeyi zorlaştırır. Zaten mevcut olduğundan, Zero'nun silah kombinasyonları oluşturmak için artık "seviye atlamasına" gerek yok.